Η ταξινόμηση των φυτών μπορεί να γίνει με την εξέταση είτε των ανατομικών μορφολογικών χαρακτηριστικών των φυτών (συστηματική βοτανική), είτε των γενετικών χαρακτηριστικών, είτε τέλος συγκεκριμένων χημικών ενώσεων (χημειοταξινόμηση). Επομένως, η χημειοταξινόμηση (chemotaxonomy) είναι ένας από τους τομείς που μπορούν να συμβάλλουν συμπληρωματικά στη διάκριση και ταξινόμηση των οργανισμών, ιδιαίτερα ενδοειδικά.
Με την εύρεση του χημειότυπου, μπορεί να γίνει αποτελεσματικότερη χρήση των φυτών ανάλογα με τις χημικές ουσίες που περιέχουν. Ακόμα και άτομα του ίδιου είδους μπορεί να είναι κατάλληλα για διαφορετικές χρήσεις ανάλογα με τον χημειότυπο που διαθέτουν.
Στην χημειοταξινόμηση ερευνάται η παρουσία και η ποσότητα χημικών ενώσεων που μπορούν να περιγράψουν, να χαρακτηρίσουν και να ταξινομήσουν τα φυτά σε διαφορετικές ταξινομικές μονάδες (taxa) και ονομάζονται συστηματικοί δείκτες (systematic markers). Οι χημικές ενώσεις που χρησιμοποιούνται συνήθως ως συστηματικοί δείκτες είναι δευτερογενείς μεταβολίτες γιατί η παρουσία τους συχνά περιορίζεται σε ορισμένα taxa. Οι δευτερογενείς μεταβολίτες είναι μικρού μοριακού βάρους χημικές ενώσεις που μέχρι πρόσφατα θεωρούνταν παραπροϊόντα του πρωτογενούς μεταβολισμού και συναντώνται σε όλους τους οργανισμούς (ιδιαίτερα σε αυτούς που δεν έχουν ανοσοποιητικό σύστημα όπως τα φυτά). Έως το 1994 είχαν καταμετρηθεί και περιγραφεί περισσότερες από 100.000 χημικές δομές.
Κύριες κατηγορίες χημικών ενώσεων που χρησιμοποιούνται είναι οι παρακάτω:
Αμινοξέα
Αλκαλοειδή
Φλαβονοειδή
Ξανθόνες
Κουμαρίνες
Κυκλικά πολυκετίδια
Ιριδοειδή
Μονοτερπένια και σεσκιτερπένια (πτητικά έλαια)
Τριτερπένια, στερόλες και καροτενοειδή
Σταθερά έλαια, λιπαρά οξέα και κηροί
Το αποτέλεσμα της χημειοταξινόμησης είναι η εύρεση του χημειότυπου. Ο χημειότυπος (chemotype), ή χημικός φαινότυπος, είναι το σύνολο των χημικών ενώσεων που διαφοροποιεί το ένα άτομο από ένα άλλο σε κάποιο taxon, και συνήθως χαρακτηρίζεται από την επικράτηση μίας χημικής ενώσεως. Συγκεκριμένα, τα άτομα ενός είδους μπορεί μορφολογικά να διαφέρουν ελάχιστα, αλλά με την χημειοταξινόμηση να προκύψουν διαφορετικοί χημειότυποι που εκφράζουν τον βαθμό της συγγένειας μεταξύ τους.
Ο χημειότυπος (chemotype) έγινε αποδεκτός ως όρος από την Ευρωπαϊκή Ένωση το 2006, με την υιοθέτηση του κανονισμού REACH.
Ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα είναι το θυμάρι (Thymus vulgaris), του οποίου η χημική σύνθεση ποικίλει ιδιαίτρα από το περιβάλλον (υψόμετρο, έδαφος, πίεση από ζώα ή ανθρώπους) και το κλίμα (θερμοκρασία, υγρασία, ηλιοφάνεια).
Χημειότυπος thymol (C10H14O) Ιδιότητες: αντισηπτικό, αντιβακτηριδιακό, αντιμυκητισιακό. Βρίσκεται σε όλους τους τύπους εδάφους από τα πιο ζεστά και ξηρά έως τα πιο υγρά. Είναι η πιο κοινή ποικιλία.
Χημειότυπος carvacrol [C6H3CH3(OH)(C3H7)]. Έχει μυρωδιά ρίγανης και είναι σημαντικό συστατικό στο δίκταμο Κρήτης (80%). Έχει ισχυρή αντιβακτηριδιακή δράση. Βρίσκεται κυρίως σε ζεστά και ξερά μέρη.
Χημειότυπος geraniol (C10H18O) Ιδιότητες: δράση ενάντια στο σκώρο/κουνούπια. Έχει μυρωδιά ρόδου και φυτρώνει σε βουνά με ακραίο κλίμα.
Χημειότυπος linalol (C10H18O) Λουλουδάτη μυρωδιά, βρίσκεται κυρίως σε κρύα και υγρά μέρη.
Χημειότυπος thuyanol-4 και alpha-terpineol Αντίστοιχοι με το linalol.
